Руководство министерства состоит из министра по делам сельской жизни, канцлера и вице-канцлеров, в подчинении которых находятся заведующие отделами.
Рабочие задачи членов руководства прописаны в уставе Министерствa по делам сельской жизни.
Министерством по делам сельской жизни руководит и представляет министр по делам сельской жизни, которого назначает и освобождает от должности правительство Республики.
Структурными единицами Министерства, за исключением отдела внутреннего аудита, руководит канцлер. Канцлер также руководит деятельностью правительственных учреждений, находящихся в области управления Министерства, и деятельностью государственных учреждений. Кроме того, канцлер отвечает за организацию работы Министерства. Кандидатура на должность канцлера предлагается министром сельского хозяйства.
В подчинении канцлера находятся вице-канцлеры, руководящие работой находящихся в их подчинении отделов в сотрудничестве с заведующими отделов. В состав Министерствa по делам сельской жизни входит вице-канцлер по политике рыбного хозяйства и вопросам международного сотрудничества, вице-канцлер по вопросам политики сельского хозяйства и сельской жизни, вице-канцлер по вопросам пищевой безопасности. Вице-канцлеры назначаются на должность в порядке общественного конкурса.

Марко Горбан
Вице-канцлер по вопросам политики сельского хозяйства и сельской жизни
Телефон: +372 625 6129
marko.gorban@agri.ee

Хендрик Кууск
Вице-канцлер по вопросам пищевой безопасности
Телефон: +372 625 6105
hendrik.kuusk@agri.ee

Сийм Тийдеманн
Вице-канцлер по политике рыбного хозяйства и вопросам международного сотрудничества
Сийм Тийдеманн занимает должность вице-канцлера по политике рыбного хозяйства и вопросам международного сотрудничества Министерствa по делам сельской жизни с 1 июля 2018 года, а также руководит работой отдела рыбного хозяйства и отдела международного сотрудничества.
Телефон: +372 625 6105
siim.tiidemann@agri.ee